Konfederacja Lewiatan zwraca uwagę, że uchwalając ten podatek, w ogóle nie dokonano analizy wpływu tej regulacji na kondycję finansową firm, przyjęto ułomne uproszczenie, że jeżeli firma nie wpłaca do budżetu państwa odpowiednio wysokiego podatku CIT, to zapewne jest to wynikiem stosowania agresywnej optymalizacji podatkowej. Zdaniem pracodawców jest to dalece idące uproszczenie pokazujące brak zrozumienia mechanizmów i złożoności funkcjonowania przedsiębiorstw. Nawet minister aktywów państwowych zauważył, że podatek minimalny w zaproponowanym kształcie nie będzie zapobiegać luce w podatku CIT, a uderzy w podmioty „o trudnej sytuacji finansowej lub działające w branżach o niskich poziomach rentowności, w tym w część spółek z udziałem Skarbu Państwa”.
Zdaniem Konfederacji Lewiatan podatek ten przede wszystkim dotyka małe i średnie polskie przedsiębiorstwa, które muszą się zmagać z kryzysem wywołanym przez pandemię koronawirusa, kryzysem związanym z wojną w Ukrainie oraz wieloma problemami spowodowanymi działalnością regulacyjną państwa. Podatkiem tym zostały objęte grupy producenckie, firmy przetwórstwa spożywczego, spółdzielnie, szpitale i firmy w trudnej sytuacji ekonomicznej.
Pracodawcy zaznaczają, że wadliwa jest już sama idea podatku płaconego od strat, co może w konsekwencji doprowadzić do bankructw firm, mających problemy np. z płynnością finansową, ponieważ w celu uiszczenia daniny będzie musiała zaciągnąć pożyczkę od podmiotu powiązanego. Tym samym ponownie zwiększy się podstawa opodatkowania minimalnym podatkiem dochodowym w kolejnym okresie obrachunkowym. Taka konstrukcja podatku minimalnego jest sprzeczna z art. 84 Konstytucji RP wyrażającego zasadę sprawiedliwości podatkowej, tj. kształtowania podatków według zasady powszechności i równości, a więc opodatkowania wszystkich zobowiązanych podmiotów i wszystkich stanów faktycznych, z którymi wiąże się obowiązek podatkowy, przy czym wszystkie podmioty będące w takiej samej sytuacji ekonomicznej (prawnopodatkowej), powinny być opodatkowane równo. W przypadku zakładów produkcyjnych opodatkowanie przychodu (gdzie na koszty zakupu materiału produkcyjnego nie narzuca się żadnej marży, a zysk kreuje się na poziomie 1-2 proc. na usłudze) w rzeczywistości doprowadzi do opodatkowania kosztów.
