Jak informuje NIK, w jednostkowych przypadkach waga nieprawidłowości była znaczna. Do zakończenia kontroli PARP nie wydała trzech decyzji administracyjnych w sprawie zwrotu środków na łączną kwotę ponad 5 mln zł, choć od dnia upływu terminu na zwrot środków w skrajnym przypadku minęło ponad 470 dni. Ponadto PARP nie przeprowadziła kontroli projektu, pomimo sygnałów płynących z Centralnego Biura Śledczego Policji i Prokuratury Krajowej w związku z podejrzeniem popełnienia czynów zabronionych przez beneficjenta.
PARP uczestniczy w realizacji programów operacyjnych z udziałem dotacji unijnych. Program Operacyjny Polska Wschodnia jest jednym z programów realizowanych w perspektywie finansowej Unii Europejskiej na lata 2014-2020.
NIK zidentyfikowała trzy projekty (spośród pięciu objętych szczegółowym badaniem), w których po wypowiedzeniu przez Agencję umów o dofinansowanie ze skutkiem natychmiastowym oraz braku dobrowolnego zwrotu środków na wezwanie, PARP nie podejmowała niezwłocznie czynności zmierzających do wydania decyzji w sprawie zwrotu środków (co przewidywały przepisy ustawy o finansach publicznych).
W trzech badanych projektach od dnia upływu terminu na zwrot środków minęło od 173 do 473 dni, a od dnia wszczęcia postępowania od 67 dni do 273 dni. Skutkiem tych działań było niewydanie decyzji zobowiązujących do zapłaty należności w łącznej wysokości ponad 5 mln zł wraz z odsetkami. W jednym przypadku, mimo uzyskania od Centralnego Biura Śledczego Policji, a następnie z Prokuratury Krajowej sygnałów wskazujących na możliwość wystąpienia nieprawidłowości w dofinansowanym projekcie, PARP nie podjęła czynności w zakresie ich weryfikacji, co było niezgodne z zapisami Polityki przeciwdziałania nadużyciom finansowym w POPW 2014–2020.
