Postępowanie w tej sprawie wszczęła Komisja Europejska w 2018 r. Najwyższa Izba Kontroli oceniła, że na poziomie krajowym administracja publiczna nie zapewniła prawidłowego planowania i monitorowania zadań w zakresie gospodarowania ściekami, a także skutecznego wdrożenia wymogów zawartych w przepisach krajowych i międzynarodowych. Z kolei samorządy gminne nie zapewniły prawidłowego zbierania i oczyszczania ścieków komunalnych oraz nadzoru nad postępowaniem z nimi. Przyczynami tego były błędy i zaniechania kontrolowanych jednostek oraz niewystarczające regulacje prawne.
Dyrektywa 91/271/EWG zobowiązuje do wyposażenia wszystkich aglomeracji w system zbierania ścieków komunalnych oraz do poddania tych ścieków skutecznemu oczyszczeniu przed ich odprowadzeniem. Zgodnie z postanowieniami Traktatu Akcesyjnego, podpisanego przez Polskę, wymagania dotyczące systemów kanalizacji i oczyszczania ścieków komunalnych powinny być wdrożone do 31 grudnia 2015 r.
Przyjęte przez Polskę warunki – wymagane dyrektywą – były niezgodne ze stanowiskiem Komisji Europejskiej potwierdzonym orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W styczniu 2018 r. KE wezwała Polskę do usunięcia uchybienia polegającego m.in. na niespełnieniu przez 1063 aglomeracje wymaganego poziomu zbierania ścieków siecią kanalizacyjną. W maju 2020 r. KE wezwała Polskę do wypełnienia zobowiązań zawartych w dyrektywie dotyczącej oczyszczania ścieków komunalnych. Wskazała, że w naszym kraju 1183 aglomeracje nie posiadają systemu zbierania ścieków komunalnych, a w 1282 aglomeracjach ścieki komunalne wprowadzane do systemów zbierania nie podlegają odpowiedniemu oczyszczeniu przed odprowadzeniem. 9 lutego 2022 r. KE podjęła decyzję o wniesieniu do TSUE sprawy przeciwko Polsce w związku z nieprzestrzeganiem dyrektywy 91/271/EWG.
Wody Polskie, które odpowiadają za monitorowanie postępu wykonania ww. dyrektywy, wskazały przyczyny braku wypełnienia unijnego prawa: nieuzyskanie dofinansowania, przedłużające się procedury przetargowe, zwiększenie kosztów inwestycji na etapie wdrożenia aktualizacji planu, sytuację epidemiczną, niewłaściwe wyznaczenie obszarów i granic aglomeracji, w tym źle zaplanowane długości sieci kanalizacyjnych do budowy oraz wadliwie określone wydajności oczyszczalni.
W efekcie KE wszczęła przeciwko Polsce postępowanie w sprawie uchybienia zobowiązaniom państwa członkowskiego do prawidłowości wdrażania dyrektywy dotyczącej oczyszczania ścieków komunalnych. Według szacunku Ministerstwa Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej w konsekwencji może to spowodować nałożenie przez TSUE na Polskę kar finansowych sięgających prawie 6 mld euro.
