16 marca 2020 r. do TSUE wpłynęła skarga Komisji Europejskiej przeciwko Polsce. Jak informuje Ministerstwo Finansów, Komisja zarzuciła Polsce naruszenie przepisów dyrektywy 2003/96/WE. Zakwestionowała przepisy krajowe, na mocy których zwolnione z akcyzy są wyroby energetyczne wykorzystywane przez zakłady energochłonne objęte unijnym systemem handlu uprawnieniami do emisji. Zdaniem KE zakłady energochłonne – aby kwalifikować się do zwolnień na podstawie tej dyrektywy – muszą wdrożyć systemy prowadzące do osiągania celów dotyczących ochrony środowiska lub efektywności energetycznej innych niż cele unijnego systemu handlu uprawnieniami do emisji.
Polska konsekwentnie argumentowała, że przepisy dyrektywy 2003/96/WE nie wykluczają ze zwolnienia zakładów energochłonnych, objętych unijnym systemem handlu uprawnieniami do emisji, i w związku z tym Polska prawidłowo implementowała prawo UE. Opinia Rzecznika Generalnego potwierdziła stanowisko Polski – uznał on, że opinia Komisji nie udowadnia, iż Polska naruszyła przepisy dyrektywy. W rezultacie 31 marca 2022 r. Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku oddalił skargę Komisji Europejskiej i obciążył ją kosztami postępowania.
Trybunał stwierdził, że nie znajduje oparcia w brzmieniu przepisu dyrektywy 2003/96 twierdzenie Komisji, że pojęcie „systemu zezwoleń handlowych”, o którym mowa w art. 17 ust. 1 lit. b) i art. 17 ust. 4 dyrektywy 2003/96, należy interpretować w ten sposób, że odnosi się ono jedynie do systemów prowadzących do osiągania celów dotyczących ochrony środowiska lub do podwyższenia efektywności energetycznej ponad to, co wynika z funkcjonowania innych obowiązkowych systemów.
