Jak informuje NIK, Gryfia była podmiotem niesamodzielnym finansowo, zagrożonym utratą płynności finansowej, a jej działalność była nierentowna. W coraz większym stopniu korzystała z pożyczek od większościowego akcjonariusza, tj. Funduszu Inwestycji Zamkniętych.
W latach 2017–2021 Gryfia z powodu trudnej sytuacji finansowej realizowała łącznie cztery plany naprawcze, ale ich realizacja nie przyczyniła się w badanym okresie do poprawy kondycji finansowej stoczni. Działalność Gryfii w latach 2017–2020 – z wyjątkiem 2018 r. (zysk netto w kwocie 1,5 mln zł) – zamykała się stratą netto wynoszącą od 7,2 mln zł (za 2017 r.) do 23,6 mln zł (za 2020 r.). W Morską Stocznię Remontową Gryfia Skarb Państwa zaangażował łącznie ponad 300 mln zł, a skumulowana strata na koniec 2020 r. wyniosła 104 mln zł.
NIK negatywnie oceniła realizację przez Gryfię projektów budowy lodołamaczy i remontu okrętu ORP Lublin. Przystąpienie przez zarząd Gryfii do obu badanych kontraktów z przewidywaną stratą wynoszącą łącznie kilka milionów złotych było działaniem sprzecznym z zasadami efektywnego gospodarowania i przyczyniło się do pogłębienia jej strat.
W obu badanych kontraktach wystąpiły opóźnienia. W wypadku budowy lodołamaczy skutkowało to koniecznością zapłaty przez Gryfię kar umownych na etapie opracowywania dokumentacji technicznej, a w wypadku ORP Lublin – pomniejszeniem wynagrodzenia stoczni w drodze kompensaty należności o kwotę 558,4 tys. zł netto oraz może skutkować wyegzekwowaniem przez zamawiającego kolejnych kar z powodu niezakończenia remontu okrętu do końca czerwca 2021 r. Na koniec marca 2022 r. nadal nie był znany termin zakończenia remontu ORP Lublin. To negatywnie wpływa na realizację zadań z zakresu obronności państwa polskiego. A tymczasem Gryfia rokrocznie otrzymywała dotację dla przedsiębiorców o strategicznym znaczeniu dla obronności państwa jako podmiot znajdujący się w wykazie przedsiębiorców o szczególnym znaczeniu gospodarczo-obronnym.
Nie zostało też zrealizowane założenie, aby Fundusz Rozwoju Spółek stanowił wyspecjalizowany podmiot realizujący zadania państwa z szeroko rozumianej gospodarki morskiej. A jego działalność w 2017 r. została dokapitalizowana kwotą 200 mln zł przez ministra gospodarki morskiej.
