Z ustaleń Najwyższej Izby Kontroli wynika, że realizacja Rządowego Programu Przeciwdziałania Korupcji na lata 2018-2020 nie zawsze przebiegała zgodnie z założeniami i nie doprowadziła do osiągnięcia znacznej części zakładanych w nim efektów. Izba szczegółowo zbadała 27 z 33 działań, z czego 11 nie zostało zrealizowanych, 6 zrealizowano w całości, 6 częściowo, a 4 zrealizowano w inny sposób niż wskazano w Planie realizacji zadań i działań RPPK.
NIK podkreśla, że kluczowe działania przewidziane w Programie nie zostały zrealizowane. W efekcie – według oceny Izby – zaprzepaszczono szansę na stworzenie nowych, dodatkowych systemowych rozwiązań służących wzmocnieniu mechanizmów i struktur służących ograniczeniu korupcji.
Rządowy Program Przeciwdziałania Korupcji na lata 2018-2020 wdrażany był z wielomiesięcznym opóźnieniem. Instytucja wdrażająca program, tj. Międzyresortowy Zespół, została powołana przez prezesa Rady Ministrów z prawie półrocznym opóźnieniem w stosunku do założeń przyjętych w Programie, co z kolei skutkowało opóźnieniami w powoływaniu Koordynatorów Programu u poszczególnych jego realizatorów. W konsekwencji szef CBA, a zarazem przewodniczący Międzyresortowego Zespołu, dopiero 14 miesięcy po starcie Programu opracował Plan realizacji zadań i działań RPPK. Plan ten miał stanowić podstawowe narzędzie wdrażania Programu i być instrumentem pozwalającym na monitorowanie stanu jego realizacji.
Z kontroli NIK wynika, że w przedmiotowym Planie zabrakło jednak harmonogramów i mierników dla niektórych działań oraz błędnie przypisano kilka działań do realizatorów, którzy nie mieli odpowiednich kompetencji do ich realizacji. Na przykład, prezes Urzędu Zamówień Publicznych nie posiadał ustawowych kompetencji do kontroli postępowań o udzielenie zamówień publicznych wyłączonych ze stosowania ustawy z 29 stycznia 2004 r. – Prawo zamówień publicznych, zatem nie miał kompetencji do opracowania mechanizmów identyfikowania nieprawidłowości w takich zamówieniach. W konsekwencji tych niedociągnięć Plan ten nie był w pełni efektywnym narzędziem wdrażania Programu.