W 23 skontrolowanych przez NIK szpitalach podejmowano działania zmierzające do przerwania dróg transmisji wirusa SARS-CoV-2 tak, aby zapewnić bezpieczeństwo zarówno personelowi, jak i pacjentom. Nie zawsze jednak okazywało się to skuteczne.
NIK ustaliła, że w badanym okresie od stycznia 2020 r. do końca czerwca 2021 r. nie we wszystkich kontrolowanych szpitalach optymalnie użytkowano łóżka przeznaczone dla pacjentów zakażonych koronawirusem. W jednym z nich nie wykorzystywano w pełni wszystkich miejsc nawet w okresach zwiększonej zachorowalności na COVID-19. Działo się tak w sytuacji, gdy leczenie pacjentów z innymi schorzeniami zostało znacznie ograniczone, co zdaniem NIK przyczyniło się do zwiększenia tzw. długu zdrowotnego ludności (wzrostu liczby świadczeń z zakresu profilaktyki, diagnostyki i leczenia, których nieudzielenie może prowadzić do rozwoju chorób lub ich zaostrzenia). Równocześnie, w porównaniu do średniej z lat 2015-2019, w całym badanym okresie odnotowano zwiększoną liczbę zgonów. W 2020 r. było ich o ponad 85 tys. więcej, z tego ok. 56,5 tys. z innych powodów niż COVID-19.
Narodowy Fundusz Zdrowia zapewniał również dodatkowe środki na wypłaty dla personelu medycznego, który opiekował się pacjentami z podejrzeniem lub rozpoznaniem COVID-19. W sumie w badanym okresie skontrolowane szpitale przeznaczyły na ten cel około 240 mln zł. W blisko 3/4 placówek zasady ich przyznawania nie były uzależnione ani od czasu przepracowanego z takimi pacjentami, ani od liczby udzielonych świadczeń. Dodatek wypłacano również tym pracownikom, którzy pełnili pojedyncze dyżury lub mieli incydentalny kontakt z osobami zakażonymi koronawirusem.
Epidemia COVID-19 szybko pokazała, że kontrolowane szpitale funkcjonujące w ramach publicznego systemu ochrony zdrowia nie są przygotowane do działania w warunkach kryzysowych. W kontrolowanych przez NIK placówkach ograniczono lub nawet czasowo zawieszono udzielanie niektórych świadczeń.W rezultacie wzrosła liczba osób oczekujących na świadczenia zdrowotne. W 2020 r., w stosunku do 2019 r., największy spadek wartości świadczeń dotyczył leczenia zachowawczego dzieci, który wyniósł ok. 46 proc. Trzeba przy tym podkreślić, że nawet w okresach, w których notowano niski poziom zakażeń SARS-CoV-2, w kontrolowanych szpitalach nie osiągnięto średnich wartości świadczeń z analogicznych miesięcy poprzednich lat.