Z kontroli NIK wynika, że przed powołaniem spółek Centrum nie przeprowadziło szczegółowej analizy efektywności funkcjonowania spółki NCBR+ oraz nie przygotowało odpowiedniej koncepcji działania spółki NCBR Investment Fund ASI S.A. W konsekwencji tego w statucie, przyjętym aktem założycielskim tej drugiej spółki, określono, że ma ona prowadzić działalność inwestycyjną, ale nie sprecyzowano w jakiej formie, nie określono polityki i strategii inwestycyjnej. Spółka ta w latach 2018–2021 (do 30 czerwca) nie dokonała żadnej inwestycji w spółkę portfelową, czyli celu, do którego została powołana. Utworzenie spółki NCBR Investment Fund ASI S.A. nie przyczyniło się do efektywniejszej realizacji zadań Centrum.
Zadania realizowane przez pracowników spółki NCBR+ były zbliżone do zadań wykonywanych przez pracowników NCBR i finansowane z budżetu państwa.
NIK zwraca uwagę na ryzyko wystąpienia konfliktu interesów w przypadkach, gdy pracownicy NCBR byli w tym samym okresie zatrudnieni w różnej formie przez NCBR+, a realizowane przez nich zadania były ze sobą pośrednio powiązane. Potwierdzeniem tego ustalenia były wyniki przeprowadzonego w 2020 r. zadania audytowego, stwierdzające przypadki występowania pracowników NCBR i NCBR+ w dwóch rolach – jako pełniących jednocześnie funkcje kierownicze zarówno w dziale zajmującym się koordynacją danej umowy wykonawczej po stronie NCBR, jak i w dziale odpowiedzialnym za realizację tej umowy po stronie NCBR+.
Tworzenie spółek zależnych przez agencją ministerialną spowodowało wzrost zatrudnienia, a koszty ponoszone na funkcjonowanie oraz realizację zadań wzrosły o ponad 300 mln zł – z 937,2 mln zł w 2018 r. do 1246,8 mln zł w 2020 r. NCBR, które realizuje m.in. unijną politykę energetyczno-klimatyczną, zajmuje się także przepalaniem dotacji unijnych.
